Transmission du SRAS

Nature Communications volume 14, Numéro d'article : 4078 (2023) Citer cet article

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Le SRAS-CoV-2 est un virus zoonotique dont la transmission bidirectionnelle entre les humains et les animaux est documentée. La transmission du SRAS-CoV-2 des humains au cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) en liberté pose un risque unique pour la santé publique en raison de la possibilité d'établissement de réservoirs où des variantes peuvent persister et évoluer. Nous avons collecté 8 830 échantillons respiratoires de cerfs de Virginie en liberté à Washington, DC et dans 26 États des États-Unis entre novembre 2021 et avril 2022. Nous avons obtenu 391 séquences et identifié 34 lignées de Pango, dont Alpha, Gamma, Delta et Omicron. variantes. Les analyses évolutives ont montré que ces virus du cerf de Virginie provenaient d'au moins 109 retombées indépendantes de l'homme, ce qui a entraîné 39 cas de transmission locale ultérieure de cerf à cerf et trois cas de retombée potentielle du cerf de Virginie vers l'homme. Les virus se sont adaptés à plusieurs reprises au cerf de Virginie avec des substitutions récurrentes d’acides aminés dans les protéines Spike et autres. Dans l’ensemble, nos résultats suggèrent que plusieurs lignées du SRAS-CoV-2 ont été introduites, sont devenues enzootiques et ont co-circulé chez le cerf de Virginie.

Le coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est un virus zoonotique1 similaire à d’autres coronavirus à conséquences graves, notamment le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère et le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient2. Depuis son apparition en 2019, le SRAS-CoV-2 a évolué rapidement et a produit de nombreuses variantes génétiques du SRAS-CoV-2, notamment les variantes préoccupantes (VOC) Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron3. Outre les humains, des infections par le SRAS-CoV-2 ont été documentées chez un large éventail d’animaux sauvages, domestiques et exotiques en captivité, tels que les cerfs4, les visons5,6,7, les rats8, les loutres, les furets, les hamsters, les gorilles et les chats. , chiens, lions et tigres9. De plus, la transmission du SRAS-CoV-2 des animaux aux humains, bien que peu courante, a été documentée ou suspectée chez le vison d'élevage (Neogale vison)5, 6, les chats domestiques (Felis catus)10 et le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus). 11, mettant en avant les animaux comme réservoirs potentiels d’infections zoonotiques secondaires. Un réservoir animal du SRAS-CoV-2 fait référence à un hôte dans lequel le virus circule secrètement, persiste dans la population et peut être transmis à d'autres animaux ou à des humains, provoquant potentiellement des épidémies.

Le cerf de Virginie est commun dans les zones urbaines et rurales d'Amérique du Nord, avec une population estimée à 30 millions répartie à travers les États-Unis (É.-U.). Damas et coll. (2020) ont montré un degré élevé d’identité de séquence entre les protéines de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) humaine et celle du cerf de Virginie12, et des études expérimentales sur les infections ont démontré que le virus du SRAS-CoV-2 de type (souche Wuhan-Hu-1) peut infectent facilement le cerf de Virginie et entraînent une forte excrétion virale et une propagation ultérieure à des congénères naïfs13,14,15. Chandler et coll. On estime que 40 % des cerfs de Virginie testés ont été exposés au SRAS-CoV-2, dès janvier 2020 dans quatre États des États-Unis16. Par la suite, des infections actives par le SRAS-CoV-2, mises en évidence par la détection de la réaction en chaîne par polymérase par transcription inverse (RT-PCR), ont été signalées chez le cerf de Virginie aux États-Unis (Ohio4, Iowa17, Pennsylvanie18, New York19) et en Ontario. , Canada11. Les virus signalés à ce jour chez le cerf de Virginie sont génétiquement divers, notamment les lignées Pango20 B.1.2 et B.1.311 dans l'Iowa (période d'échantillonnage : avril 2020 à janvier 2021)17, B.1.2, B.1.582, B.1.596 dans l'Iowa. Ohio (janvier à mars 2021)4, B.1.1.7 (Alpha), AY.88 (Delta), AY.5 (Delta) et AY.103 (Delta) en Pennsylvanie (janvier à novembre 2021)18, B .1, B.1.1, B.1.2, B.1.243, B.1.409, B.1.507, B.1.517, B.1.1.7 (Alpha), B.1.1.28 (Gamma), P.1 (Gamma ), et B.1.617.2 (Delta) à New York (de septembre 2020 à décembre 2021)19, et B.1.641 (décembre 2021) en Ontario (de novembre à décembre 2021)11. Il est intéressant de noter que la majorité de ces virus du cerf de Virginie étaient génétiquement liés à ceux qui circulaient simultanément chez les humains. L’identification de virus génétiquement très similaires provenant de plusieurs animaux capturés à deux jours différents au même endroit ou à proximité suggère que le SRAS-CoV-2 était probablement transmis au sein des populations de cerfs de Virginie4, 19. Preuves épidémiologiques de la transmission possible du SRAS-CoV-2 2, du cerf de Virginie à l'homme au Canada, a été signalé11.