Où et comment traverse

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Une nouvelle étude sur les maladies émergentes dans la capitale à croissance rapide de Nairobi, au Kenya, montre que les agents pathogènes pourraient être plus susceptibles de passer des animaux aux humains dans les parties de la ville à forte densité de personnes, de bétail et d'animaux sauvages adaptés aux conditions urbaines, comme les rats. . Ces zones ont également tendance à avoir des revenus plus faibles, avec un manque d'assainissement et de gestion des déchets adéquats ainsi que des niveaux de biodiversité plus faibles.

Les résultats, publiés aujourd'hui dans les Actes de l'Académie nationale des sciences, suggèrent des endroits où donner la priorité à la surveillance des maladies, améliorer l'accès aux soins de santé de base et explorer des mesures ciblées de contrôle des maladies.

L’étude est parmi les premières à utiliser des preuves concrètes pour répondre aux questions de savoir où et comment la transmission des maladies se produit en milieu urbain. Dirigée par le Dr James Hassell, vétérinaire et épidémiologiste de la faune sauvage pour le programme de santé mondiale du Smithsonian's National Zoo and Conservation Biology Institute (NZCBI), en collaboration avec des partenaires kenyans et britanniques, les résultats de l'étude étaient basés sur les relations génétiques entre E. coli recueillies auprès d'un groupe de plus de 2 000 personnes, de bétail et d'animaux sauvages urbains provenant de 33 sites à travers Nairobi.

Les bactéries E. coli possèdent certains gènes, appelés éléments génétiques mobiles, qui portent des caractéristiques telles que la résistance aux médicaments et peuvent être transférés à d'autres E. coli à proximité. Cela a permis à Hassell et à ses collègues de déduire le même type de proximité physique étroite entre tous les E. coli partageant bon nombre des mêmes éléments génétiques mobiles.

La comparaison des bactéries E. coli collectées auprès des personnes, de la faune et du bétail à Nairobi a permis aux scientifiques de cartographier les parties de la ville qui présentaient le plus grand chevauchement de ces gènes bactériens et, finalement, d'identifier ces zones comme des champs de bataille clés pour les maladies émergentes. La raison en est que si les bactéries d’une personne et d’une vache, par exemple, se rapprochaient suffisamment pour développer un chevauchement génétique significatif, leurs hôtes pourraient alors se rapprocher suffisamment pour échanger des agents pathogènes.

Bien que les résultats s'appliquent directement à Nairobi, Hassell a déclaré que la ville kenyane est emblématique parmi de nombreuses villes tropicales connaissant ce que les chercheurs appellent une urbanisation rapide et non planifiée. Lorsque les villes se développent extrêmement rapidement sans planification urbaine significative, il leur manque souvent des infrastructures de base telles qu’un assainissement adéquat ou des systèmes de gestion des déchets, en particulier dans les quartiers à faible revenu.

Combinez ces conditions avec des densités de population élevées et un grand nombre d’habitants qui dépendent toujours du bétail pour subvenir aux besoins de leurs familles, et les possibilités de transmission des maladies des animaux aux humains sont nombreuses. De plus, même si ces quartiers ont tendance à avoir une biodiversité globalement réduite, ils offrent un environnement favorable à certaines espèces sauvages, notamment les rongeurs, certaines espèces d'oiseaux et certaines chauves-souris, qui se sont révélées être des vecteurs de maladies particulièrement efficaces.

Alors que de plus en plus de personnes migrent vers les villes pour des opportunités économiques et pour une foule d'autres raisons à l'échelle mondiale, Hassell a déclaré que le problème des maladies émergentes dans les zones urbaines connaissant une croissance rapide et non planifiée ne fera que s'aggraver.

Pour étudier cette question et formuler des recommandations efficaces en matière de santé publique, il est essentiel d’identifier, avec des preuves concrètes, les interfaces entre les humains et les animaux en milieu urbain qui rendent la transmission de maladies plus probable.

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Pour ce faire, Hassell et ses co-auteurs se sont lancés dans un ambitieux projet de collecte de données à Nairobi en 2016 dans le cadre du projet UrbanZoo, dirigé par Eric Fevre de l'Université de Liverpool au Royaume-Uni. Dans 33 quartiers de Nairobi, sélectionnés pour représenter une gamme complète de diversité en termes de richesse des ménages, les chercheurs ont collecté des échantillons d'E. coli auprès de personnes, de bétail et d'animaux sauvages dans et autour de 99 ménages différents.